El origen de la palabra Atlacomulco viene del náhuatl, compuesta de Atlacomulli y co, y significa "Lugar entre Pozos".
Síntesis de la Historia del Municipio de Atlacomulco
Para hacer un resumen histórico del municipio de Atlacomulco se cuenta con documentos del archivo parroquial y del archivo histórico que datan de mediados del siglo XVII y desgraciadamente las actas de cabildo datan sólo de mediados del siglo XIX.
Época prehispánica.
Los Chichimecas comandados por Xólotl y luego por Nopaltzin atravesaron la región Mazahua. Posteriormente Tezoxomoc da al Señorío de Atzcapotzalco el mando de Xocotitlan, Ixtlahuacan, Xiquipilco, Xilotepec, Atlacomulco y la provincia de Mazahuacan. A mediados del siglo XV, al ser derrotados los Tepanecas de Atzcapotzalco, el rey azteca Axayacátl da el nombre de Mazahuacan a todo el conjunto de pueblos formados por mazahuas. Altacomulco tributaba en la zona de Mazahuacan con cabecera en Xocotitlan, el tributo consistía en entregar parte de la producción de la tierra al rey, conservando sólo lo suficiente para subsistir
Época Independiente, Reforma y Porfiriato
En este siglo se dio uno de los movimientos armados más importantes de nuestro país la Independencia de México, así tenemos que muy probablemente la ruta que siguió el ejercito de insurgentes haya atravesado por la parte noreste de Atlacomulco camino a Toluca, prueba de ello fueron la colocación de estelas en las comunidades de Cuendo y San Lorenzo Tlacotepec en 1960 como recuerdo del paso de insurgentes en dichas comunidades. Entre las construcciones que son testimonio de esa época (Monografía pág. 96) se encuentra el santuario el Señor del Huerto que fue edificado entre 1810 y 1811.
Ya consumada la Independencia el 27 de septiembre de 1821, dos años después se constituye jurídicamente el Estado de México el 2 de marzo de 1824. Y así llegamos hasta el 4 de agosto de 1824 fecha de la primera Acta de Cabildo más antigua existente en el archivo histórico firmada por el Presidente de la Corporación Don Agustín Peláez es la fecha que se eligió convencionalmente para designarla como el día en que se constituye legal y jurídicamente el Municipio de Atlacomulco.
Un dato muy importante que encontramos en la Monografía (pág. 96), es que el Municipio sirvió para realizar el cambio de caballos que venían cargados con sal desde Colima, con dirección a diversos puntos del Estado y la Capital del País. Lo anterior es un antecedente que se ha tomado en cuenta, ya que el municipio se encuentra ubicado geográficamente en el norte del estado y en el centro de la República, motivo por el cual la atraviesan varias carreteras tanto municipales, estatales y federales comunicando al municipio con el Pacifico, el Atlántico al norte y al sur de la República.
A lo largo del siglo XIX se construyen escuelas de primeras letras tanto en comunidades como en la cabecera municipal, se realizan varias obras públicas por ejemplo; caminos de terracería, se instala el alumbrado público en los portales
